کارگروهها در شورایعالی امور ایرانیان خارج از کشور نقش اساسی و بر جسته ای در ارائه طرح ها و برنامه ها و همچنین پیگیری امور دارند. دبیرخانه شورایعالی دارای چهار کارگروه به شرح ذیل می باشد که در اینجا با وظایف و فعالیت های آنها آشنا می شویم .

الف : کارگروه فرهنگی و رسانه ای 

ج : کارگروه همکاریهای علمی و آموزشی       

د : کارگروه اقتصادی و بازرگانی